第二是齐党。其实在方从哲担任首辅以前，其门人，担任给事中的亓诗教就已经组织了齐党。由于亓资历较浅，为了能够达成扩张势力，就力推从哲出山。
齐党的人也不少，包括吏部侍郎赵焕、礼科给事中周永春、右佥都御史韩浚等等。
第三是楚党，包括吏部尚书郑继之、给事中湖广人官应震、吴亮嗣、黄彦士，还有被罢官的熊廷弼。
第四是昆党，以江苏昆山人士、太常寺少卿顾天峻为首。
第五是宣党，以安徽宣州人士、国子监司业汤宾尹为首。
这五个党后来组成了新的党派，又有了统一称谓——“阉党”
值得一题的是还有第六个党派——秦党，均为陕西人。以太仆寺少卿武之望为首，包括兵部侍郎袁应泰、太常寺卿王绍徽等人。秦党首领武之望，性情随和，还是一个医学家，著有《济阴纲目》和《济阳纲目》，外号儒医。
原本秦党创始人为前任吏部尚书孙丕扬，就是前几次京察的主持人之一，数次推荐、提拔了东林党人，有人也把孙丕扬列为东林党。
由于某皇孙的出现加搅合，万里四十五年京察，远比历史上的更加猛烈。
东林党挺不住压力，竟有东林党人出昏招，未经东林党商议便私自上书，称原吏部尚书孙丕扬导致党争不断，将责任通通推向孙丕扬。
此时的孙丕扬已经八十有三，正在老家陕西富平县养老。听闻被东林党泼了脏水，口喊“东林奸佞、误国殃民”，竟气得一命呜呼，直接导致秦党向反东林联盟投诚。
这六大党派在实力近似妖孽的东林党面前，众志成城、团结一致，开展了不屈不挠的斗争，终于在万历四十五年取得了辉煌的战绩。
万历四十五年京察，组织者：吏部尚书郑继之——楚党；刑部尚书李志——浙党。
满朝文官受尽了东林党人的折磨，纷纷开始报仇。
首先开炮的是户部主事李朴，上疏曰：“言官多勾结贵戚、近侍，广纳赂遗，结党逞威，挟制百僚，排斥正人”所指当然是东林党人，
于是首辅方从哲，迎合帝意，无所匡正，对朝中奸佞实施毁灭性的打击。
就连一些从来没参加过党争的官员也来踩上一脚，朝堂上东林党在京官员纷纷落马，除了杨涟、孙承宗等少数官员外，一时间东林党人几乎一扫而空。