此后安南战乱不断，忠于黎氏的黎朝臣子拥护着黎氏的一支子孙逃到了南方，成为了南朝。
而篡位的莫氏则占据着北方，成为了北朝。
与此同时，当年黎氏请封的故事也在莫氏身上重演。
大明朝廷得知安南发生战乱，权臣莫登庸篡了黎氏的王位，莫名其妙地再一次坚持黎氏为正统，就是不肯认可莫氏的王位。
直到嘉靖十九年的时候，在莫登庸不知道第多少次遣使请降、上表称臣之后，嘉靖皇帝终于点头同意接受其归附，不过却削安南国为安南都统使司，只授予了莫登庸安南都统使的职务，算是确认了莫氏统治安南的地位。
莫氏的安南北朝因为是权臣篡位，所谓地位始终不是很稳，在北朝的统治基础也不是很牢固，不仅始终没有能够消灭南朝黎氏，而且自己反而越来越衰弱。
数十年后，到了万历二十年的前后，南朝黎氏逐渐又强盛了起来，不断往北收复失地。
万历二十年，南朝黎氏军队攻克北朝都城升龙府，莫朝所谓的英宗莫茂洽被杀，莫朝宗室莫敬止继位，率军退往高平。
万历二十一年，南朝黎氏军队继续进攻莫氏，莫敬止以及莫朝宗室子弟战败被俘，然后被斩首示众。
莫敬止死后，莫朝遗臣找到了莫敬止的一个弟弟，叫作莫敬恭的，重新拥立为帝，继续在高平一带与黎氏抗衡。
天启三年，南朝黎氏的权臣郑梉派南朝的大军攻陷了高平，北朝莫氏的当家人莫敬恭，及其皇太子在这一场战争中被黎军擒杀。
此后，莫敬恭的侄子莫敬宽在莫朝遗臣莫玉辇的支持之下，继任莫朝的帝位，同时逃入明朝境内，以大明钦封安南都统使的名义，向大明朝廷求救。
天启五年，在大明朝廷的干涉之下，安南南朝黎氏的军队被迫退出了高平，然后莫敬宽在大明的支持下，又带着莫氏的遗臣和所剩不多的军队，回到了高平，继续莫氏对安南北部高平一带的统治。
这个莫敬宽，史称莫光祖。
不过从此之后，安南的北朝莫氏日趋衰弱，已经处在了灭亡的边缘。