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黄蜚不断与建州兵作战，解救困在岸上的小股明军，付出了很大的伤亡和代价，到六月一日，集结起芜湖大营十六镇残军，共两万余人。
与在登州时一样，登辽水师再次深陷敌后，不过这一次，他们有不依赖季风的长江。有了上次的经验，登州水师并不慌，黄蜚待向明时等人整顿好有些凌乱的船队，近千艘大小战船扬帆顺流而下。
这是长江上最强大的力量。
南京燕子矶江面，建州拼凑了三百艘船横江拦截。
这样的力量对比下，阵位已不再重要。
黄埔号和新安号两艘加列战舰作为全军先导，喷射着船首炮冲入敌军阵列，只一次冲锋建州的水师就垮了。
建州主将船上飘着一杆折字旗，梅尔维尔号经过时，用两次舷侧齐射把这条船打成碎片。
守序想弄清楚打死了谁，让水兵们扔下救生圈，拉起来一个生还的士兵。俘虏供述，水师主将叫折桂年，参将衔，原明朝陕西榆林卫正千户世职，其父折凤鸣是李本深的副总兵，在渡江战役时被守军击毙。
南京城头，多铎饶有兴趣地观摩了整场水战，“那就是红夷夹板炮船？”
孔有德侍立在侧，“禀主子，就是了。”
“很强啊，本王没看过瘾，咱们还有船吗？”
“主子，没船了。所有能打的船刚刚都在江上呢。”
“切……”
金山寺。
联军的军旗依然在塔尖迎风飘扬，长江分舰队五艘战舰鸣响礼炮，向守军宣示增援到来。
守序找黄蜚借了50艘舢板，顺流飘到金山寺。接着运输船也航行到下游锚定，守军乘坐舢板再顺流与运输船接舷，900人安全撤退。向江岸倾泻了一阵炮弹，船队冲破焦山门、圌山、鹅鼻嘴，航向长江口。