志村团藏如今手脚筋脉具断，眼睛也瞎掉，情绪十分不稳定。这种情况下无论问什么做什么，对方的反应都十分激烈，甚至质问三代火影是否要无视他这些年做出的贡献，卸磨杀驴云云。
但他也不能不去处置，不去调查，因为背后宇智波一族同样虎视眈眈，等待着火影对团藏的处置结论。只要不能让他们满意，木叶的混乱就在眼前。
三代火影只好派手下暗部出马，彻底将根部的情况清理一遍。
暗部将根部的种种研究一项一项都调查清楚，查清团藏这些年究竟养了多少孩子作为根部储备，又因为注射木遁细胞害死多少孩子。团藏与大蛇丸勾结，实验用掉多少忍者和忍者的尸体，又掌握多少不能见光的禁术。
这些三代火影干脆查了个彻底。
既然要处置，就不能半吊子处置对方，让双方都不满意。在团藏所作所为已经彻底暴露的前提下，对团藏的处置就很难从轻处罚。
三代火影在对着调查报告一夜没合眼之后，彻底定下心中的想法——无论什么处罚，只要能留团藏一条命就行。
团藏犯下的罪孽已经超过“木叶黑暗”可以解释的范畴，他难逃此劫。虽然此刻对方手脚筋脉断裂，眼睛也瞎了个彻底，让人不知道究竟还能如何处置对方，但该有的处置是无法避开的。
于是，在所有残留情报都梳理干净以后，三代火影将木叶上层、几大家族家主都请来，对团藏的处置进行讨论决断。
几个顾问作为同期，自然为团藏据理力争，说明对方这些年对木叶的贡献，质问这些家族对木叶上层的不满是否有所私心。
家主们自然嗤之以鼻，反问对方家族没有人遭到毒手，自然可以站在干岸上隔岸观火，不痛不痒。
三代火影在双方唇枪舌剑数日
以后做出决断，撤掉志村团藏所有职务，解散对方一手成立的暗部，永久将对方排除在木叶高层之外。他现在除了那具破破烂烂的身体，除了那条苟延残喘的性命以外，彻底一无所有。
对于至今依旧没有放弃当火影的志村团藏来说这个决断对他打击甚重，火影手令传达下来团藏当即便吐出一口鲜血，整个人像老了二十岁，整个人都失去颜色，了无生趣。
宇智波等家族虽然不甚满意，但也知道火影不可能将对方当场处决致死，马马虎虎还算满意。
宇智波一族这两天日子过得还算不错。
木叶上层大都能看出宇智波家族跟那三个外来的宇智波是真的不相识，也知道了木叶之外仍然有宇智波家族的人在虎视眈眈、蠢蠢欲动。而且外界的宇智波比木叶的宇智波要来得强大，在失去宇智波止水这个王牌以后，木叶和宇智波有志一同地选择了合作。
外面的宇智波痛恨木叶，自然也不会偏爱木叶的宇智波。