九月十九，秀保遵守约定，下令赦免丰臣秀赖，然越前三藩及安昙藩遭到废藩，除了速水守久外，其余三位藩主全都阵亡。秀保故不予追究，允许秀赖招募速水为家臣俸禄两千石；石田三成返回水户；
九月二十二，秀保与秀赖密谈至深夜；
九月二十三，秀保决定将和泉国封给秀赖庶长子国松（堺港仍属幕府直辖），知行十一万石，居城岸和田，后世称为“岸和田藩”；
十二月八日。奉秀保之命，以心崇传和藤堂高虎拟定《武家诸法度》以及《禁中并公家诸法度》，以约束大名和公卿，这被后世认为是强化幕府权力的一项重要举措。
庆长二十一年（1616年）
三月初，努尔哈赤于赫图阿拉建国，定都赫图阿拉。史称“后金”，秀保闻讯，立即遣人往赴北京，提醒大明提早应对，然明神宗认为女真恭顺。而倭人非大明子民，有意挑拨。遂对秀保的提醒置之不理；秀保深感大明大难将至，遂于任那动员军势三万，派遣福岛、那须等猛将前往训练，以备万全；
五月二十二，德川家康病逝，秀保命史官为其立传，由于感慨天下已定，战国时代彻底终结，秀保奏请朝廷，明年改年号为“永宁”，以祈求天下安宁；
七月十七，秀保侧室菊亭持子难产而死，秀保撰文哀悼；
十一月三日，面对基督教的蔓延，秀保决定贯彻丰臣秀吉时代的《伴天连追放令》，驱逐外国传教士出境并且将传教与南蛮贸易严厉区分开来，对信仰基督教的大名进行限制，希望他们放弃基督教信仰；同时加强神佛习合力度，用以抗衡和削弱基督教在日本的影响。
永宁元年（1617年）
七月十六，芳春院病逝。
八月初，秀保自觉天下已定，为避免重蹈德川幕府覆辙，决定加强中央集权，先后颁布《一城一国令》、《王土奉还令》和《推恩令》，史称“永宁三令”，准备逐渐削弱地方大名权力，实现中央集权；
九月十五日，后阳成天皇病逝，秀保举荐原丰臣秀吉养子、后阳成之弟八条宫智仁亲王为天皇，是为后水尾天皇；
十月十三日，不满秀保政策的山形藩主最上义亲（兄弟矛盾尖锐）、仙台藩主伊达政宗（子嗣众多）以及佐土原藩主岛津忠恒（两者皆有）等十余家大名联合抵制，并动员领内军备不惜与秀保一战，史称“丁巳之乱”；石田三成奔走劝告，甚至丰臣秀赖出马亦没有太大缓和；秀保对此早有准备，他一方面调动军队积极备战，另一方面利诱大名家中的支持者（如庶长子和兄弟等），从内部分化反对势力；
十月二十八日，最上义亲三弟清水义清于米泽城起兵，作为先锋攻打山形城，蒲生秀行、上杉景胜领兵呼应；伊达政宗庶子也于当夜刺杀伊达政宗于仙台本丸，伊达家陷入混乱；
十一月三日，最上义亲兵败自杀，秀保以清水义清为最上氏家督，继承山形十五万石，仍称山形藩，四弟山野边义忠继承米泽周边十二万石，是为米泽藩，庄内、由利等领地纳入天领，秀保派专人管理；
十一月五日，伊达政宗次子打开仙台城门，迎接蒲生、宇都宫军进城，按照《推恩令》及《王土奉还令》，秀保将仙台藩六十八万石分成五份，其中天领二十万石，政宗四子瓜分剩余四十八万石；
十一月中，反对大名相继被害或投降，十余藩被肢解至四十藩，仅剩岛津忠恒不愿投降；