药师兜作为多国间谍，帮助木叶村获得很多情报，但后来志村团藏觉着药师兜知道的秘密太多，必须除之，所以策划了药师兜与孤儿院的院长野乃宇自相残杀。
最终结局，很惨，也导致药师兜彻底成为木叶村叛忍。
志村团藏还与雨忍首领山椒鱼半藏合作，蛊惑并设计山椒鱼半藏去残害最初的晓组织，最终导致导致弥彦的死亡，及长门性格理念上的扭曲。
当然，志村团藏这么做的目的，是要把一切危险因素全部剿灭在摇篮里面。
其实，作为阴谋家出发，志村团藏所作所为都没有错。
他唯一错的地方，就在于他本人实力不够！
就像当年，他因为一丝胆怯，而输了猿飞日斩一样，志村团藏的实力永远都匹配不了他的野心。
他的所作所为，永远都不完美。
如果当年，他能够把晓组织完全消灭的话，可能就没有后面的事情了。
如果，他的计谋成功，药师兜真的被灭口了的话，后面也就不会有那么多破事了。
志村团藏做事永远只做一半，这种坏事，三代火影猿飞日斩也犯过这种错误，就是当年，他心慈手软，在可以杀掉大蛇丸的时候，放了大蛇丸一马，最终导致今日的木叶崩溃计划，木叶村死伤无数。
猿飞日斩只有一次，就给木叶村带来这么大的灾难。
而志村团藏更是不完美主义，他做的很多事情里面，都不完美，都为以后留下了不可磨灭的祸根。
只有宇智波一族灭门，这才是他做的最绝的事情。
这件事情，无法论证究竟是好是坏。
如果志村团藏心慈手软，可能宇智波一族会像今日的大蛇丸一样。
但反之，如果宇智波一族真的用武力获得木叶村的火影之位，或许木叶村会变的更加强大。
宇智波一族的灭门更像是势力争斗，而并非大蛇丸这种单纯的崩坏和毁灭。
但是，宇智波一族血脉有严重的问题，他们的写轮眼力量本身就需要情感上的巨大波动落差来体现。
所以他们的情绪会很容易失控，这样的人，如果成为木叶村的火影，其结果可能和志村团藏当选木叶村火影，没有什么两样。
只能说，大部分的悲哀，都是野心和实力的不符合，才导致的。
…
志村团藏回忆颇多，毕竟对于志村团藏来说，他的一生中最为重要的两个人，就是二代火影和猿飞日斩了。
而对于这两个人，志村团藏都是又爱又恨。
当然，恨大于爱。