至此，走马观灯一般，按照万历皇帝的旨意，将内外廷的重臣都换了，尽管不一定换作万历皇帝相信的官员，但一定不是“铁三角”时期重用的官员。
万历皇帝获得阶段性的大胜。
于是，又一道谕旨，由司礼监掌印张宏送至内阁——
说与首辅申时行，辅臣余有丁、许国等知悉，即命刑部右侍郎邱橓、司礼监秉笔兼东厂提督张鲸，率人前往湖广荆州府，查抄张居正的府邸。望各有司配合，不得有误。钦此。
读罢这道谕旨，首辅申时行与辅臣余有丁、许国都傻眼了。
尤其是申时行，他怎么都没想到万历皇帝会走出这一步。
先头已经剥夺了张居正生前的一切荣誉，为什么还要抄家呢？
清算至于要如此彻底吗？
要知道“抄家”不仅仅意味着嫉恨，还意味着极度的不信任和有罪事实。
而且按大明的法律规定，抄家的罪状有三条：一谋反，二叛逆，三奸党。
张居正究竟属于哪一条呢?
申时行纳闷儿不解。
首先万历皇帝这道谕旨就没有通过内阁，而是直接下发的。
申时行觉得他如果再沉默下去，真的不配坐在首辅的位子上。
所以接到抄张居正家的谕旨后，申时行第一时间请求面圣。
万历皇帝倒也没有拒绝，一来感觉申时行好对付，二来既然谕旨已下，该面对的终究需要面对。
因此，面对申时行的疑问，万历皇帝找了好多个已经想好的理由，给张居正扣上“诬蔑亲藩”、“钳制言官”、“专权乱政”、“谋国不忠”等等或有或无的大罪名……
申时行无比震惊，想着即便这些罪状都成立，也罪不至抄家呀！
“文忠”可是万历皇帝钦赐的，如今收回不说，居然还要“抄家”……
申时行实在想不明白，在张居正的身上到底发生了什么。
这对儿师徒到底是怎么了？以至于使一向敬张居正如师长的万历皇帝，在短短的时间里对老师的态度竟发生了如此戏剧性的变化?
在与万历皇帝的对话中，温和的申时行显然不是强势的万历皇帝对手，他辩不过，也拗不过。
关键是两人权力不对等。
皇帝拥有至高无上的权力，虽然内阁的权力在不断上升，但依然只是皇帝赋予的，二者一旦发生冲突，阁权在皇权面前简直不堪一击。