萧斌进驻碻磝，亲临前线指挥，并命王玄谟率部西攻滑台。
沈庆之则被萧斌留在碻磝，授以辅国司马之职。
王玄谟围攻滑台两个月，始终未能破城。
不久，北魏皇帝拓跋焘亲自南救滑台。萧斌遂命沈庆之率五千人前去支援王玄谟。
沈庆之认为兵力过少，对战事并无助益，但因萧斌坚持，最终只得从命。
沈庆之尚未出军，王玄谟已由滑台兵败逃回。
萧斌见前锋已败，打算死守碻磝。沈庆之却力主放弃碻磝。
萧斌遂退守历城，命王玄谟留守碻磝。
沈庆之随萧斌退守历城，不久便驰返京师，途中又接到刘义隆诏命，让他北返救援王玄谟。
但当沈庆之行至彭城，却因拓跋焘已率大军逼近，无法继续北上。
江夏王刘义恭当时正于彭城节度北伐诸军，遂将沈庆之留在彭城，授为太尉中兵参军。
刘义恭给沈庆之三千兵马，让他到卯山抵御魏军。
沈庆之却以虏众强，往必见擒为由，不肯前去。
魏军很快便攻至萧城，距彭城仅有数十里。
刘义恭因彭城兵多粮少，打算弃城南逃。
沈庆之认为历城兵少粮多，建议移镇历城。
但刘义恭在沛郡太守张畅的力谏下，最终还是决定坚守彭城，以避免军心动摇。
沈庆之随刘义恭一直坚守到元嘉二十八年二月北伐结束，又奉命将数千户彭城流民迁往瓜步安置。
元嘉二十九年，刘义隆不顾沈庆之力谏，再度北伐，并以立议不同，未让沈庆之参战。
不久，西阳五水一带爆发蛮族叛乱，自淮水、汝水以至长江、沔水都深受其害。
刘义隆命沈庆之为主将，督军征讨五水蛮。
豫州、荆州、雍州都奉命出军参战，均由沈庆之节制。
元嘉三十年，宋文帝命刘骏兵进五洲，总领诸军，征伐沿江群蛮。
沈庆之也自巴水赶到五洲与刘骏会合，商讨军情战略。
就在这时，太子刘劭密谋发动政变，弑杀刘义隆，篡位称帝。南中郎典签董元嗣当时正从建康返回五洲前线，将刘劭弑逆的消息告知刘骏。
刘骏遂谋划起兵，准备讨伐刘劭。
刘劭篡位后，因刘骏手握重兵，对其非常忌惮。
他密谋致信给沈庆之，让沈庆之杀死刘骏，夺其兵权。
但沈庆之却根本无意帮助刘劭。他求见刘骏，将刘劭的密信呈上。
刘骏误以为沈庆之是要杀死自己，哭着请求在死前能与母亲诀别。
沈庆之向刘骏表明心迹，表示是要辅顺讨逆。
刘骏连称家国安危，在于将军，让沈庆之召集军队，进行军事部署。
主簿颜竣得知刘骏欲举兵讨逆，认为此时起兵并非良机，建议先联合四方藩镇，结果遭到沈庆之的厉声呵斥。
刘骏忙斥退颜竣，命沈庆之继续安排起事。
“沈庆之整备军队，不到十天便将起事之事全部安排妥当，时人都认为是有神兵相助。”
“不久，刘骏率军返回江州，顺江东下，向建康进发。”
“沈庆之被任命为征虏将军、武昌内史、南中郎司马，亦随大军东讨。”
“刘骏一路长驱直进，很快便逼近建康，并接受沈庆之、柳元景等诸将的劝进，于新亭称帝，史称宋孝武帝。”
“他大封功臣，以沈庆之为领军将军、散骑常侍。”
“不久，刘骏攻破建康，擒杀刘劭，讨平刘劭之乱。”
“沈庆之因功改任使持节、都督南兖豫徐兖四州诸军事、镇军将军、南兖州刺史，出镇盱眙。”
“并进封南昌县公，食邑三千户，后又移镇广陵。”
“孝建元年，荆州刺史南郡王刘义宣联合江州刺史臧质、豫州刺史鲁爽，起兵叛乱，同攻建康，朝野震动。”
“刘骏忙召沈庆之入朝，让他率部屯驻武帐岗，守御京师六门。”
“当时，鲁爽驻军大岘。”
“左军将军薛安都渡江征讨鲁爽，却因历阳太守张幼绪怯战，失利而回。”
“刘骏遂命沈庆之赶赴江北，统率诸军总督战事。”